À l'extrémité sud de la zone protégée se trouve la zone humide de la lagune de l'Alyki Kitrous. Cette région s'étend sur environ 1 500 hectares, comprenant la lagune de Kitrous, avec son unité de production de sel, ainsi que les zones humides qui s'étendent au sud, jusqu'à Korinos.

 

Toute cette région est particulièrement précieuse pour la biodiversité qu'elle abrite et principalement pour son avifaune, son herpétofaune ainsi que pour la flore qu'on y trouve, grâce à sa grande diversité d'habitats. Ces habitats vont des eaux lagunaires peu profondes aux marais salés du sud, en passant par la garrigue côtière et les dunes de sable qui bordent la zone côtière.

La région appartient au réseau Natura 2000 en tant que zone de préservation spéciale "ALYKES KITROUS - REGION LARGE" (code GR1250004) d'une superficie de 1 440,56 hectares, tandis qu'une partie de cette zone, d'une superficie de 1 558 hectares, appartient à la zone de préservation spéciale "DELTA DES RIVIÈRES AXIOS-LOUDIAS-ALIAKMON-ALYKES KITROUS" (code GR1220010) de l'avifaune élargie.

La lagune d'Alyki Kitrous s'étend à l'endroit où la terre s'avance dans la mer, le cap Atherida, et accueille un grand nombre d'oiseaux côtiers qui s'y nourrissent, y hivernent et s'y reproduisent. En hiver surtout, la lagune offre des moments impressionnants, grâce aux milliers de flamants roses qui se rassemblent dans ses eaux peu profondes.